L'alchimia era una disciplina fisica e chimica, ma combinava anche elementi esoterici e metafisici. Come molte altre discipline, venne vietata dalla Chiesa, solo gli esponenti con un certo potere politico potevano esercitarla senza rischiare di essere perseguitati. Raimondo Lullo (1232-1315), discendente di un antico casato aristocratico, fu uno tra i più famosi alchimisti europei del Medioevo. Nella sua opera "Liber de segretis naturae seu de quinta essentia", egli tentò di giustificare la pratica dell'alchimia grazie al libero arbitrio che Dio avrebbe dato all'uomo, in modo da farla accettare dalla Chiesa. Secondo il famoso alchimista, «Dio non può fare quello che vuole, perché Egli può esercitare solo il bene, l'uomo invece può incorrere nel male perché ha a disposizione solo il calore del fuoco, per portare a purezza le cose terrene. Ma con l'aiuto dei principi essenziali e con la fede, potrà in futuro concepire e realizzare delle "trasmutazioni" naturali come già è in grado di compire utili trasformazioni artificiali degli elementi naturali. Perciò l'alchimia, che è la vera arte nel promuovere il sapere, non può essere condannata dalla Chiesa, in quanto la scelta tra il bene ed il male appartiene al libero arbitrio dell'uomo. Quest'ultimo è frutto della sua ignoranza, ma l'ignoranza umana stessa è stata voluta dalla giustizia di Dio e quindi è un bene dal punto di vista del Dio Padre Onnipotente. Quindi l'uomo può sbagliare provando e riprovando nella ricerca della Purezza, mentre Dio non può aver fatto assolutamente alcun errore né alcuna ingiustizia.» Queste considerazioni, usate in passato per giustificare l'alchimia, valgono ancora oggi per la scienza moderna, la quale non può essere criticata, in quanto la scelta tra il bene ed il male appartiene al libero arbitrio dell'uomo, pertanto, la Chiesa dovrebbe finirla di opporsi agli studi come la ricerca sulle cellule staminali, oppure all'uso del preservativo, poiché facendolo si opporrebbe anche a quella libertà concessa da Dio. Gli esponenti religiosi dovrebbero limitarsi alle parole, dovrebbero solo spiegare agli uomini che facendo determinate cose rischiano di andare all'inferno, ma la scelta finale deve spettare alle singole persone che hanno il diritto, per concessione di Dio, al libero arbitrio, dunque alla libertà di scegliere il bene o il male. Tratto da "I Detti dei Lacedemoni" di Plutarco: uno spartano domandò a un sacerdote che voleva confessarlo: «A chi devo confessare i miei peccati, a Dio o agli uomini?». «A Dio», rispose il prete. «Allora, ritirati, uomo».
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